Selon le public accueilli et les règles qui sont appliquées en leur sein, on distingue différents établissements pénitentiaires : maisons d'arrêt, centres de détention, maisons centrales, centres pénitentiaires...
Sont accueillis au niveau des 81 maisons :
D'après les statistiques de la population détenue et écrouée fournies par le Ministère de la justice, la maison d'arrêt correspond à l'établissement carcéral qui est la plus touchée par le surpeuplement avec une densité de plus de 137% au 1er mars 2022. Cette situation prévaut alors que la loi du 24 novembre 2009 avait déjà consacré le principe de l'encellulement individuel pour tous les détenus.
Seules trois dérogations à ce principe sont reconnues par la loi : quand le détenu le demande, quand il y a par exemple risque suicidaire justifiant ainsi un intérêt dans le non-isolement du détenu et enfin quand cela est nécessaire du fait du travail ou de la formation.
Ce sont les individus condamnés à de longues peines (minimum deux ans) qui sont reçus au sein des établissements pour peine. Une limitation du nombre de personnes (numerus clausus) prévaut au niveau des 99 établissements en question. On y relève également le respect du principe de l’encellulement individuel.
Différents types d'établissements pour peine existent :
Une loi du 9 septembre 2022 a annoncé la création de six établissements pénitentiaires spécialisés pour mineurs. Ceux-ci ont ouvert leurs portes depuis 2007. Avec pour préoccupation l'éducation et l'insertion, c'est une soixantaine de mineurs qui y sont accueillis.
En dehors des cas d'urgence et des cas psychiatriques, les personnes détenues (condamnées ou prévenues) ont pour Établissement public de santé la EPSNF quand cela implique hospitalisation. Un directeur pénitentiaire assume la direction de l'établissement. Quand ce dernier est du ressort du ministère de la santé, la gestion de l'hôpital et son fonctionnement courant est assuré par un directeur d’hôpital.